С давних времён между империей Нифльхейм и королевством Люцис идёт война. Войска Нифльхейма теснят армию Люциса, несмотря на все старания бойцов элитного подразделения «Кингсглейв», служащих лично правителю Люциса королю Регису и получающих особые силы благодаря древней магии королевского рода. В конце концов от некогда великого королевства остаётся только один город, закрытый магическим щитом, поддерживаемый королём Регисом. В попытках спасти хотя бы этот город король Регис собирается...

Спустя два года после событий, описанных в «Final Fantasy VII», мир только начинает восстанавливаться и прокладывать себе дорогу к новому будущему. Однако появились и новые угрозы: болезнь Геостигма и три загадочных человека, которые, по-видимому, разыскивают Дженову. Клауд и его друзья из оригинальной игры должны объединить свои силы еще раз, чтобы противостоять новой опасности....

...

Сюжет охватывает две временные ветки: одна рассказывает об инциденте в городке Нибельхайм с участием Зака, Клауда, Тифы и Сефирота; другая хронологически происходит после первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из научной лаборатории мегакорпорации «Shinra Inc.»....

...