Время хаоса. Земля уже не та, что раньше. Она кишит созданиями, которых называют «синие». Юдзи Кайдо, у которого обнаруживают таинственную болезнь, вводят в искусственную комму, пока не будет найдено лекарство. Когда юноша просыпается, то узнаёт, что прошло более 20 лет с тех пор, как его поместили в анабиоз, и мир теперь контролируется этими созданиями. Впоследствии Юдзи решает присоединиться к группе солдат, сражающихся против «синих», в надежде истребить заразу и вернуть покой родной планете....

Конец тысячелетия был ознаменован неминуемым концом света. Каждую 1000 лет Ла-Метал, огромная планета, населенная высокоразвитой цивилизацией, по пути своей орбиты проходит рядом с Землей, принося тем самым множество ужасных катаклизмов и стихийных бедствий. В 1999 году Ла-Метал пройдет настолько близко к Земле, что велик риск столкнуться с ней. Ко всему прочему жители планеты Ла-Метал уже давно планируют захват Земли. Профессор Амамори, сотрудник местной обсерватории, узнает о приближающимся...

Август 1945 года. В переоборудованной теологической семинарии на окраине Нагасаки работает молодой врач, оказывая помощь пациентам. В это время приходят тревожные новости о новом оружии, применённом американцами в городе Хиросима. Когда вторая ядерная бомба была сброшена на Нагасаки, персонал больницы продолжал работать, спасая жизни людей. Работать в городе, где концентрическими кругами расходилась смерть....

...

...

...

...

Десять лет назад Нагатэ Таникадзэ отразил атаку Гауна и спас «Сидонию», последний дом человечества. С тех пор жители корабля наслаждаются мирной жизнью. В это спокойное время Цумуги Сирауи осознаёт свои чувства к Нагатэ, которого теперь прославляют как героя. Однако капитан Кобаяси всегда знала: пока где-то во Вселенной существуют Гауна, мир не может длиться долго. Близится последняя битва, от которой будет зависеть выживание всего человечества. Смогут ли в этом финальном сражении рыцари...

Второй фильм дилогии. Начало Реставрации Мэйдзи. Армия Императора перевооружена — на смену клинкам пришли ружья, против них бессильны крепкий самурайский дух и умелое фехтование, к тому же и в стане сторонников Сёгуната зреют разломы и предательства. Синсэнгуми сражаются из последних сил, прибегая к помощи эликсира, но ход войны не изменить....

...