Пришельцы Гауна — страшная угроза, нависшая над человечеством. Вынужденные искать новый дом, преследуемые ужасными врагами, люди отправились в космос на корабле «Сидония». Хоть рыцарям-пилотам и удается защищать корабль, но это лишь временно. Нагатэ Таникадзэ, один из лучших пилотов, прекрасно знает, что пришельцы медленно одерживают верх. Товарищи гибнут, новое оружие быстро получает отпор. Если ничего не предпринять, враг победит. Отчаянные ситуации требуют отчаянных действий. Военные и...

Прошло 2 года с того дня, как Мотоко Кусанаги ушла из 9-го отдела. Новым лидером стал Тогуса, расширив штат отдела до 20 оперативных работников. Обновленный состав сталкивается с серией странных случаев, которые выводят их на высококлассного хакера под ником «Кукольник». В разгар расследования Бато сталкивается с Мотоко. Уходя, она говорит лишь держаться подальше от Solid State Society — общества, обеспечивающее стабильность государства. Бато остается лишь гадать, может Мотоко и есть Кукольник?...

...

Ближайшее будущее. Тараканы и другие домашние насекомые приобрели иммунитет ко всем формам инсектицидов. В ответ на это японская компания создала небольших роботов-уничтожителей насекомых и назвала их «Хоихои». Конкурирующая компания также выпустила свою версию — «Комбат». Благодаря своей очаровательной внешности эти маленькие роботы стали своего рода идолами и получили множество поклонников. Поздно ночью в доме одного из таких фанатов Хоихои и Комбат ищут насекомых... но Комбат пытается...

...

...

...

...

...

2062 год. В мире идет война. Две сверхдержавы ведут кровопролитные сражения за контроль над космическим лифтом. Одна из сторон решает воспользоваться пространственно-временной вибрирующей бомбой — самым разрушительным оружием созданным человеком — в надежде, что это положит конец войне. Во время проведения операции, закончившейся провалом, Кэй Кацураги, один из пилотов, отправленных на это задание, решает разминировать бомбу, но терпит неудачу, в результате чего происходит взрыв, который...